Το Universidad Del Cauca δημιουργήθηκε στο Popayán ως Πανεπιστήμιο της Τρίτης Περιφέρειας με διάταγμα της 24ης Απριλίου 1827. Στις 5 Απριλίου 2013, το Υπουργείο Εθνικής Παιδείας χορήγησε τη Θεσμική Διαπίστευση Υψηλής Ποιότητας για περίοδο 6 ετών, ήδη μέσω του ψηφίσματος 6218 της Στις 13 Ιουνίου 2019, ανανέωσε την εν λόγω θεσμική διαπίστευση για περίοδο οκτώ ετών.
Το Πανεπιστήμιο έχει τις ρίζες του στο Μεγάλο Σεμινάριο του Popayán που ιδρύθηκε μεταξύ 1609 και 1617, ένα εκπαιδευτικό ίδρυμα πρώτης τάξης στους αποικιακούς χρόνους που λειτούργησε στο μοναστήρι του San José όπου οι πιο καινοτόμες ιδέες της φιλοσοφικής, πολιτικής και επιστημονικής σκέψης του Διαφωτισμός, τον 18ο αιώνα, η Εποχή του Διαφωτισμού.
Εκεί, ακριβώς, η γενιά που αργότερα θα ήταν ο πρωταγωνιστής των αγώνων για την ανεξαρτησία της ισπανικής αυτοκρατορίας σχηματίστηκε με χαρακτήρες όπως ο Francisco José de Caldas, ο Camilo Torres, ο Francisco Antonio Zea, ο José María Cabal, ο Joaquín de Caycedo y Cuero και Francisco Antonio Ulloa άνδρες της πολιτικής, της μελέτης και του κράτους.
Η σκέψη στη δημοκρατική και ανεξάρτητη ζωή της Κολομβίας δημιουργήθηκε σε καλή αναλογία στο Πανεπιστήμιο της Κάουκα, με τέτοιο τρόπο ώστε η ιστορία της ανεξαρτησίας της Κολομβίας και οι απαρχές της ως ανεξάρτητης δημοκρατίας να συγκλίνουν με την ιστορία του πανεπιστημίου.
Παρόμοια με εκείνες τις εποχές, το Πανεπιστήμιο της Κάουκα εξακολουθεί να είναι θεσμός γνώσης, προόδου και φόρουμ για δωρεάν ανάλυση των συνθηκών και εναλλακτικών λύσεων της κοινωνικής ζωής, υπερασπιστής της δημοκρατικής πορείας της Κολομβίας, την ίδια στιγμή που έχει ενεργοποιηθεί ασταμάτητα την ελευθερία της έκφρασης και τη συμμετοχή των πολιτών. Την τελευταία δεκαετία διακρίθηκε από τον δυναμισμό της ερευνητικής δομής του. Επισημαίνεται ότι δεκαεπτά απόφοιτοι του Πανεπιστημίου της Κάουκα έχουν καταλάβει τον αρχηγό του Κολομβιανού κράτους.