Το πρόγραμμα Έξυπνης γεωργίας και βιώσιμης γεωργίας της JUNIA, που διδάσκεται στα αγγλικά ή στα γαλλικά, βασίζεται στη διεθνώς αναγνωρισμένη τεχνογνωσία που έχει αποκτήσει η JUNIA στη γεωργική επιστήμη τα τελευταία 40 χρόνια. Αυτό το διεθνώς διαπιστευμένο πρόγραμμα παρέχει Master of Science and Engineering, επιτρέποντας στους αποφοίτους να εισέλθουν στο εργατικό δυναμικό ή να συνεχίσουν διδακτορικές σπουδές σε ιδρύματα σε όλο τον κόσμο.

Η αυξανόμενη ανησυχία για θέματα περιβάλλοντος, βιοποικιλότητας και ασφάλειας των τροφίμων στην περιοχή της Μεσογείου αποτέλεσε τη βάση για το πτυχίο Masters of Science (M.Sc.) στην «Βιώσιμη Γεωργία». Η αειφόρος γεωργία προωθεί τις αρχές ενός βιώσιμου αγροσυστήματος με φυσικά συστήματα διαβίωσης που λειτουργούν συμβατά μέσω υπεύθυνης διαχείρισης αβιοτικών και βιοτικών πόρων και είναι ιδιαίτερα ευαίσθητο στην περιβαλλοντική ρύπανση και τα απόβλητα. Το μεταπτυχιακό πρόγραμμα επιτρέπει στους αποφοίτους να αντιμετωπίσουν την πρόσφατη ενσωμάτωση περιβαλλοντικών θεμάτων στην κοινή γεωργική πολιτική της ΕΕ. Το πλαίσιο των συστημάτων ολοκληρωμένης και βιολογικής γεωργίας παρέχεται από τη νομοθεσία για τη διασφάλιση της ποιότητας και τους αγροπεριβαλλοντικούς δείκτες. Τα τεχνικά θέματα αναλύονται επίσης σε βάθος: αγρο-οικολογία, οικοτοξικολογία, αγρο-βιοποικιλότητα, διαχείριση γενετικών πόρων, διαχείριση εδάφους και νερού, προστασία καλλιεργειών, περιπτωσιολογικές μελέτες βιώσιμων μεθοδολογιών.

Το ευρωπαϊκό μεταπτυχιακό δίπλωμα στην υγεία των φυτών σε βιώσιμα συστήματα καλλιέργειας (PlantHealth) είναι ένα πλήρως ενσωματωμένο και παγκόσμιο ανταγωνιστικό κοινό πτυχίο Erasmus Mundus, σχεδιασμένο από κορυφαία ευρωπαϊκά πανεπιστήμια στον τομέα της προστασίας των καλλιεργειών, το οποίο παρέχει κορυφαίο και ενημερωμένο εκπαίδευση, ειδίκευση αποφοίτων για να αντιμετωπίσουν τις προκλήσεις στη σύγχρονη και μελλοντική φυτοϋγειονομική διαχείριση που σχετίζονται με παγκόσμια θέματα ασφάλειας των τροφίμων.