Ο κύριος στόχος του Μεταπτυχιακού στις Νευροεπιστήμες είναι να εκπαιδεύσει εξειδικευμένο ανθρώπινο δυναμικό, υψηλού επιστημονικού επιπέδου, ενημερωμένο και σε θέση να προσανατολιστεί στη συνεχή κατάρτιση στον τομέα της γνώσης που περιλαμβάνει τη δομή, τη λειτουργία και τη ρύθμιση του νευρικό σύστημα με την ευρεία έννοια. Συγκεκριμένα, το πρόγραμμα Master αποσκοπεί στην ανάπτυξη μιας πολυεπιστημονικής προσέγγισης που περιλαμβάνει μοριακές, κυτταρικές, φυσιολογικές, συμπεριφορικές, γνωστικές και παθολογικές πτυχές. Με τη σειρά του, στοχεύει στην παροχή διεπιστημονικής γνώσης (από μοριακή βιολογία έως γνωστικές και νευροαπεικονιστικές μελέτες), έτσι ώστε οι μελλοντικοί ερευνητές να μπορούν να αντιμετωπίζουν προβλήματα με μεταφραστικό τρόπο και να συμμετέχουν σε εργαστήρια δημόσιων και ιδιωτικών ιδρυμάτων.